叶升教授

文章出处: 作者: 发布时间: 2015-02-13 访问次数: 688

叶升博士

浙江大学生命科学研究院教授、博士生导师

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Email:  sye@zju.edu.cn

网页:http://lsi.zju.edu.cn

教育和工作背景:

1987-1991    厦门大学细胞生物学学士

1991-1996    中国科学院生物物理研究所生物物理学博士

1996-1999    美国贝勒医学院生物化学系博士后

1999-2001    美国得克萨斯大学西南医学中心生物化学系博士后

2001-2003    美国Syrrx公司科学家

2003-2005    美国德州农工医学中心科学家

2005-2008    美国得克萨斯大学西南医学中心生理学系讲师

2008-2009    霍华德-休斯医学研究所二级研究专家

2009-2010    美国得克萨斯大学西南医学中心生理学系助理教授

2010-至今浙江大学生命科学研究院教授,博士生导师


发表论文 (*通讯作者)

1.    Banerjee S, Ren Y, Zheng M, Wei T, Zhou Z,  Yu P, Guan F, Wei X, Ye S, Yan S,  Raff M, Qi M (2015). Next generation sequencing detection and  characterization of a heterozygous novel splice junction mutation in the 2B  domain of KRT1 in a family with diffuse palmoplantar keratoderma. Exp  Dermatol, 2014 Nov 28. Epub ahead of print

2.    Kimani JK, Wei T, Choi K, Li Y, Yu P, Ye S, Huang X, Qi M (2015).  Functional analysis of novel splicing and missense mutations identified in  the ASS1 gene in classical citrullinemia patients. Clin Chim Acta, 438:323-9

3.    Guo R, Zeng W, Cui H, Chen L, Ye S* (2014). Ionic interactions of  Ba2+ blockades in the MthK K+ channel. J Gen Physiol, 144:193-200

4.    Zhu Y, Zhu LN, Guo R, Cui HJ, Ye S, Fang Q (2014). Nanoliter-scale  protein crystallization and screening with a microfluidic droplet robot. Sci  Rep, 4:5046

5.    Xiao PF, Guo R, Huang SQ, Cui HJ, Ye S*, Zhang ZY* (2014). Discovery of  dipeptiyl peptidase IV (DPP4) inhibitors based on a novel indole scaffold.  Chin Chem Lett, 25:673-6

6.    Lin C, Guo X, Lange S, Liu J, Ouyang K,  Yin X, Jiang L, Cai Y, Mu Y, Sheikh F, Ye  S, Chen J, Ke Y, Cheng H (2013). Cypher/ZASP is a novel A kinase  anchoring protein. J Biol Chem, 288:29403-13

7.    Li Y, Hsin J, Zhao L, Cheng Y, Shang W,  Huang KC, Wang HW, Ye S* (2013).  FtsZ Protofilaments use a hinge-opening mechanism for constrictive force  generation. Science, 341:392-5

8.    Dong W, Lu W, McKeehan WL, Luo Y*, Ye S* (2012). Structural Basis of  Heparan Sulfate-Specific Degradation by Heparinase III. Protein Cell,  3:950-61

9.    Kong C, Zeng W, Ye S, Chen L, Sauer DB, Lam Y, Derebe MG, Jiang Y (2012).  Distinct gating mechanisms revealed by the structures of a multi-ligand gated  K(+) channel. Elife, 1:e00184

10.  Chiang PW, Wang J, Chen Y, Fu Q, Zhong J,  Chen Y, Yi X, Wu R, Gan H, Shi Y, Chen Y, Barnett C, Wheaton D, Day M,  Sutherland J, Heon E, Weleber RG, Gabriel LA, Cong P, Chuang K, Ye S, Sallum JM, Qi M (2012). Exome  sequencing identifies NMNAT1 mutations as a cause of Leber congenital  amaurosis. Nat Genet. 44:972-4

11.  Shi N, Zeng W, Ye S, Li Y, Jiang Y (2011). Crucial Points within the Pore as  Determinants of K(+) Channel Conductance and Gating. J Mol Biol, 411:27-35

12.  Cao Y, Jin X, Huang H, Derebe MG, Levin EJ,  Kabaleeswaran V, Pan Y, Punta M, Love J, Weng J, Quick M, Ye S, Kloss B, Bruni R,  Martinez-Hackert E, Hendrickson WA, Rost B, Javitch JA, Rajashankar KR, Jiang  Y, Zhou M (2011). Crystal structure of a potassium ion transporter, TrkH.  Nature, 471:336-40

13.  Ye S*,  Li Y, Jiang Y* (2010). Novel insights into ion selectivity from high  resolution structures of an open K+ channel pore. Nat Struct Mol Biol,  17:1019-23.

14.  Wu Y, Yang, Y, Ye S, Jiang Y (2010). Structure of the Gating Ring from the Human  Large-conductance Ca2+-gated K+ Channel. Nature, 466:393-7

15.  Ye S,  Li Y, Chen L, Jiang Y (2006). Crystal structures of a Ligand-free MthK gating  ring: Insights into the ligand gating mechanism of K+ channel. Cell,  126:1161-73

16.  Luo Y, Ye  S, Kan M, McKeehan WL (2006). Control of FGF7- and FGF1-induced  mitogenesis and downstream signaling by distinct heparin octasaccharide  motifs. J Biol Chem, 281:21052-61

17.  Shi N, Ye  S, Alam A, Chen L, Jiang Y (2006). Atomic Structure of a Na+ and K+  Conducting Channel. Nature, 440:570-4

18.  Luo Y, Ye  S, Kan M, McKeehan WL (2006). Structural Specificity in a FGF7-Affinity  Purified Heparin Octasaccharide Required for Formation of a Complex with FGF7  and FGFR2IIIb. J Cell Biochem, 97:1241-58

19.  Paricharttanakul NM, Ye S, Menefee AL, Javid-Majd F, Sacchettini JC, Reinhart GD  (2005). Kinetic and structural Characterization Phosphofructokinase from Lactobacillus  bulgaricus. Biochemistry, 44:15280-6

20.  Ye S,  Vakonakis I, Ioerger TR, LiWang AC, Sacchettini JC (2004). Crystal structure  of circadian clock protein KaiA from synechococcus elongatus. J Biol Chem.  279:20511-8

21.  Aertgeerts K, Ye S, Shi L, Prasad SG, Witmer D, Chi E, Sang BC, Wijnands RA,  Webb DR, Swanson RV (2004). N-linked glycosylation of dipeptidyl peptidase IV  (CD26): Effects on enzyme activity, homodimer formation, and adenosine  deaminase binding. Protein Sci. 13:145-54

22.  Aertgeerts K, Ye S, Tennant MG, Kraus ML, Rogers J, Sang BC, Skene RJ, Webb DR,  Prasad GS (2004). Crystal structure of human dipeptidyl peptidase IV in  complex with a decapeptide reveals details on substrate specificity and  tetrahedral intermediate formation. Protein Sci. 13:412-21

23.  Ye S,  von Delft F, Brooun A, Knuth MW, Swanson RV and McRee DE (2003). The Crystal  Structure of Shikimate Dehydrogenase (AroE) Reveals a Unique NADPH Binding  Mode. J Bacteriol. 185:4144-51

24.  Bergstrom RC, Coombs GS, Ye S, Madison EL  Goldsmith EJ and Corey DR (2003). Binding  of nonphysiological protein and peptide substrates to proteases: differences  between urokinase-type plasminogen activator and trypsin and contributions to  the evolution of regulated proteolysis. Biochemistry. 42:5395-402

25.  Ye S,  Goldsmith EJ (2001). Serpins and Other Covalent Protease Inhibitors. Curr  Opin Struct Biol, 11:740-5

26.  Ye S,  Cech AL, Belmares R, Bergstrom RC, Tong Y, Corey DR, Kanost MR, and Goldsmith  EJ (2001). The structure of a Michaelis Serpin-Protease Complex. Nat Struct  Biol, 8:979-83

27.  Ye S,  Luo Y, Lu W, Jones RB, Mohamedali KA, Linhardt RJ, Capila I, Toida T, Kan M,  Pelletier H and McKeehan WL (2001). Structural Basis for Interaction of  FGF-1, FGF-2 and FGF-7 with Different Heparan Sulfate Motifs. Biochemistry,  40:14429-39

28.  Ye S,  Wan ZL, Zhou B, Jing GZ, Liang DC (1997). Crystallization and preliminary  X-ray analysis of SNR 141 - an N-terminal fragment of staphylococcal nuclease  R. Chinese Science Bulletin, 42:983-5 (Chinese Ed.) 42:957-60 (Eng. Ed.)

29.  Ye S,  Wan ZL, Shi YZ, Zhou B, Jing GZ, Liang DC (1997). Crystallization and  preliminary X-ray analysis of staphylococcal nuclease R. Acta Biophysica  Sinica 13:7-10

30.  Ye S,  Wan ZL, Liu CG, Chang WR, Liang DC (1996). Crystal structure of (L-Arg)-B0  bovine insulin at 0.21 nm resolution. Science in China (Secies C), 26:295-301  (Chinese Ed.)  39:465-73 (Eng. Ed.)


新药

在美国Syrrx公司(200527日为日本武田制药公司收购成为武田-圣地亚哥分部)担任科学家期间,作为基于结构的糖尿病药物设计主要参与人之一,所设计的高选择性双肽蛋白酶?4抑制剂之一(SYR-322)已通过临床试验。日本厚生省已于20106月批准此新药(药名Nesina)上市。

申请中的中国发明专利

1.    张志远、叶升、肖鹏飞、黄少强、郭蕊,一种吲哚骨架化合物及其应用,中国发明专利,申请号:201410190718.1,申请日:201458日。


已授权的美国专利

1.    Brooun A, Hosfield DJ, Skene RJ, Tari LW, Ye S Crystal structure of MVAS. Date  of Patent: July 11, 2006, Assignee: Takeda San Diego, Inc., San Diego, CA  (US), Patent No. US 7,076,372

2.    Brooun A, Hosfield DJ, Skene RJ, Tari LW, Ye S Crystallization of MVAS. Date of  Patent: August 7, 2007, Assignee: Takeda San Diego, Inc., San Diego, CA (US),  Patent No. US 7,252,930  

3.    Aertgeerts K, Prasad S, Sridhar V,  Wijnands RA, Ye S Crystallization  of Fibroblast Activation Protein Alpha (FAP), Date of Patent: November 20,  2007, Assignee: Takeda San Diego, Inc., San Diego, CA (US), Patent No. US  7,297,508

4.    Aertgeerts K, Cronin CN, Hosfield DJ,  Knuth MW, McRee DE, Prasad S, Sang B, Skene RJ, Wijnands RA, Ye S Crystallization of Dipeptidyl  Peptidase IV (DPPIV), Date of Patent: March 18, 2008, Assignee: Takeda San  Diego, Inc., San Diego, CA (US), Patent No. US 7,344,852


专业杂志编辑:《PLOS  ONEEditorial Board;《千人生物》编委

专业杂志审稿:PNAS,  BMC structural biology, Protein Cell


获奖项目

1.    2013726日发表在Science上的“FtsZ Protofilaments Use a  Hinge-Opening Mechanism for Constrictive Force Generation”一文获评科学网2013年国内十大最受关注论文(榜上列第八)。科学网评价该研究论文破解了细菌细胞分裂的“奥秘”,报道详见:(http://news.sciencenet.cn/news/sub26.aspx?id=1546)。

2.    入选2010年教育部“新世纪优秀人才支持计划”;

3.    获得2010年浙江省自然科学基金“杰出青年”基金资助;


人才培养

1.    博士研究生李颖获2013年浙江大学第四届“十佳大学生”荣誉称号;

2.    博士研究生李颖获2013年浙江大学“竺可桢奖学金”;

3.    博士研究生董巍获2013年浙江大学“争创优秀博士学位论文资助”。


负责的科研项目

1.    Z环收缩的能量转化及其精密调控机制研究,国家自然科学基金重点项目,项目负责人,资助经费: 325万元,执行年限:2015.01-2019.12,项目编号:31430019

2.    重要新型膜离子通道门控和调节机制的结构基础,科技部重大科学研究计划,子课题课题组长,资助经费:140.0万元,执行年限:2014.01-2018.12,项目编号:2014CB910301

3.    深度透视钾离子通道的离子选择、配体门控和阻断机制,国家自然科学基金面上项目,项目负责人,资助经费: 80万元,执行年限:2014.01-2017.12,项目编号:31370721

4.    MthK钾离子通道的配体门控机制的研究,教育部博导基金,项目负责人,资助经费:12万元,执行年限:2012.01-2014.12,项目编号:20110101110122

5.    细胞膜相关蛋白质复合物的结构与功能研究,科技部重大科学研究计划,子课题骨干,资助经费:187.5万元,执行年限:2011.01-2015.12,项目编号:2011CB910500

6.    FtsZ 原丝纤维的结构生物学研究,国家自然科学基金面上项目,项目负责人,资助经费: 38万元,执行年限:2011.01-2013.12,项目编号:31070661

7.    药物阻断心肌hERG钾离子通道导致毒副作用的分子机制,浙江省自然科学基金杰出青年科学基金,项目负责人,资助经费:30万元,执行年限:2010.6-2014.6,项目编号:R2100439


课程教学

1.    浙江大学生命科学学院本科生课程《高级生物化学》,2014-至今,参与教学,6学时,主讲老师:周耐明;

2.    浙江大学生命科学学院“求是班”本科生课程《生化与分子生物学》,2013-至今,参与教学,3学时,主讲老师:杨卫军;

3.    浙江大学医学院“求是班”本科生课程《细胞与生物分子II》,2013-至今,参与教学,5学时,主讲老师:骆严;

4.    浙江大学生命科学研究院面向全校生命科学相关的研究生、本科生课程《Basics in Becoming a Biologist系列》,2012-至今,参与教学,3学时,主讲老师,冯新华;

5.    浙江大学医学院研究生课程《分子医学》,2011-至今,参与教学,6学时,主讲老师:许正平。

特邀报告

1.    2015年第五届分子与细胞生物学大会( BITs  5th Annual World Congress of Molecular & Cell Biology)特邀报告及分会场主持人(Session Chair, 南京,江苏。 2015/4/25-2015/4/28

2.    江、浙、沪力生物学论文报告会暨第六届全国医学生物物理学术会议(Symposium on Mechanobiology),“结构生物学中的力学问题”分会场主持人(Session Chair),上海。2014/10/14

3.    FtsZ  protofilaments use a hinge-opening mechanism for constrictive force  generation”,中国科学院上海营养研究所特邀报告,上海。2014/9/30

4.     FtsZ  protofilaments use a hinge-opening mechanism for constrictive force  generation”,2014年全国生物化学与分子生物学学术大会特邀报告,厦门,福建。2014/8/21-2014/8/23

5.    FtsZ  protofilaments use a hinge-opening mechanism for constrictive force  generation”,清华大学生命科学学院特邀报告,北京。2014/5/12

6.    FtsZ  protofilaments use a hinge-opening mechanism for constrictive force  generation”,中国科学院生物物理研究所特邀报告,北京。2014/2/27

7.    FtsZ  protofilaments use a hinge-opening mechanism for constrictive force  generation”,2013年度浙江大学基础医学院学术年会特邀报告,杭州,浙江。2014/1/19

8.    A  curved FtsZ-GDP protofilament structure reveals a hinge-opening mechanism for  constrictive force generation”,上海交通大学医学院特邀报告,上海。2013/12/11

9.    FtsZ  protofilaments use a hinge-opening mechanism for constrictive force  generation”,第十二届亚洲晶体学大会(The 12th Conference of the Asia Crystallographic Association)特邀报告,香港。2013/12/10

10.  Structural  mechanism of hydrolysis-mediated conformational change for bacterial FtsZ  protofilaments”,香港中文大学生命科学学院(School of Life Sciences, The Chinese university of Hong Kong)特邀报告,香港。2013/12/9

11.  A  curved FtsZ-GDP protofilament structure reveals a hinge-opening mechanism for  constrictive force generation”,浙江农林大学林业与生物技术学院(School of Forestry & Bio-technologyZhejiang A&F University)特邀报告,浙江临安。2013/11/25

12.  FtsZ  protofilaments use a hinge-opening mechanism for constrictive force  generation”,第一届国际暨第十三次中国生物物理学术大会暨第十届全国会员代表大会(13th Chinese and  International Biophysics Congress)特邀报告,南昌,江西。2013/10/29

13.  A  curved FtsZ-GDP protofilament structure reveals a hinge-opening mechanism for  constrictive force generation”,第四届全国“跨学科蛋白质研究”学术讨论会特邀报告,合肥,安徽。2013/10/13

14.  A  curved FtsZ-GDP protofilament structure reveals a hinge-opening mechanism for  constrictive force generation”,  2013年全球华人生物科学家大会(The 14th SCBA International Symposium)分会场特邀报告,西安,陕西。2013/7/21

15.  A  curved FtsZ-GDP protofilament structure reveals a hinge-opening mechanism for  constrictive force generation”,2012年度浙江大学基础医学院学术年会特邀报告,杭州,浙江。2013/1/19-2013/1/20

16.  Crystal  structure of a ligand-free MthK gating ring, insights into the Ca2+ gating  mechanism of K+ channel”,第十七届国际钙结合蛋白与钙在健康和疾病中作用会议(The 17th International  Symposium on Ca2+-Binding Proteins and Ca2+ Function in Health and Disease) 特邀报告,北京。2011/7/16

17.  Novel  insights into ion selectivity from high resolution structures of an open K+  channel pore”,“膜蛋白结构与功能”冷泉港国际会议亚洲分会(Cold Spring Harbor Asia Conference)特邀报告,苏州,江苏。2010/5/11

特邀专家

1.    中国科学院“生物超大分子复合体的结构、功能与调控”战略性先导科技专项(B)论证会议,特邀会议评审专家,北京。2013/11/6

2.    香山科学会议第474次学术研讨会:“X射线自由电子激光在结构生物学中应用的突破性进展”,受邀参会,南昌,江西。2013/10/27-2013/10/28

3.    国家重大科学研究计划“与重要疾病相关膜蛋白的结构和功能”结题验收会议,特邀会议评审专家,北京。2013/9/30