任间教授

文章出处: 作者: 发布时间: 2015-02-13 访问次数: 768

任间,男,32岁,博士,中山大学生命科学学院教授,博导。

中山大学生物信息学中心主任,广东省首批自然科学杰出青年基金获得者。

教育工作经历

19982002年就读于上海交通大学动力与能源工程学院,获核工程与核技术专业学士学位。20022007年在中国科学技术大学近代物理系攻读博士期间参与国家大科学工程项目"大天区面积多目标光纤光谱望远镜"LAMOST),并承担其中的巡天战略系统的研发工作,在计算机算法和大型工程软件设计开发方面具有丰富的经验。20077月获得物理电子学工学博士学位之后进入中国科学技术大学生命科学学院温龙平研究组进行博士后研究工作,将计算机和天文学算法以及工程学思想成功运用到生物信息学领域,在蛋白质组生物信息学方面取得了显著的成果。主要包括设计出高效的GPSGroup-based Prediction  System)预测算法,并基于该算法开发出十多种蛋白质翻译后修饰位点预测工具,此外还构建多个蛋白质相关数据库及辅助工具。2010 3月获中山大学生命科学学院“百人计划”引进,201112月晋升教授。进入生物领域的四年时间内在包括Molecular & Cellular  Proteomics, Nucleic Acids Research, Cell Research, Briefings in  Bioinformatics等国际著名杂志上发表SCI  论文21 篇,其中通讯或一作16篇(7IF>8.0),累计影响因子110。所发布的GPS系列工具在蛋白质翻译后修饰领域受到广泛关注,推动了该领域发展,相关文章已被包括NatureScienceCell系列杂志在内的文章引用300余次,单篇最高他引超100次。同时担任国际杂志Dataset Papers in BiologyFrontiers in Bioinformatics  and Computational Biology编委,以及ProteomicsPlos OnePlant Methods等国际杂志审稿人。主持国家自然科学基金2项,广州市珠江科技新星专项,中央高校基本科研业务费专项等。同时参加科技部重大研究计划3项(骨干2项,外协1项)和国家自然科学基金重点项目1项。发布生物信息学工具及数据库20多个,获颁软件著作权登记证书5项。

承担及参与科研项目

1.    广东省自然科学杰出青年基金(S20120011335):蛋白质翻译后修饰相关算法及工具设计,2013.01-2015.12100万,项目负责人

2.    国家自然科学基金面上项目(31071154):蛋白质翻译后修饰受可变剪切影响的系统生物学研究,2011.1 - 2013.1240万,项目负责人

3.    国家自然科学基金青年基金(30900835):蛋白质共价修饰相关序列模体的计算发现,2010.1 - 2012.1220万,项目负责人

4.    科技部重大研究计划(2012CB911200):端粒相关蛋白对人类重大疾病作用机制的研究,2012.01 - 2016.08100万,学术骨干

5.    科技部重大研究计划(2006CB933300):纳米药物载体增强药物导向性及效应的研究,2006.7 - 2010.830万,学术骨干

6.    广州市首批珠江科技新星(2011J2200042):蛋白质翻译后修饰计算分析平台构建,2011.11-2014.1030万,项目负责人

7.    中央高校基础科研业务费(11lgzd11):中山大学青年教师重点培养,2011.1 - 2012.1230万,项目负责人

8.    科技部重大研究计划(2013):纳米材料调控自噬的机制、安全性及在肿瘤诊疗中的应用研究,2013.1 - 2017.852万,外协

发表论文

1.    Xue Y, Ren J#, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB. GPS 2.0, a tool to  predict kinase-specific phosphorylation sites in hierarchy. Molecular &  Cellular Proteomics. 2008;7(9):1598-1608. ( IF: 8.834, cited by 117)

2.    Ren  J, Jiang CH, Gao XJ, Liu ZX, Yuan ZN, Jin CJ, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y,  Yao XB. PhosSNP for Systematic Analysis of Genetic Polymorphisms That  Influence Protein Phosphorylation. Molecular & Cellular Proteomics.  2010;9(4):623-634. (IF: 8.354, cited by 8)

3.    Ren  J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. DOG 1.0: illustrator of protein  domain structures. Cell Research. 2009;19(2):271-273. (IF: 9.417, cited by  38)

4.    Ren  J, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Ye ML, Zou HF, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB.  MiCroKit 3.0: an integrated database of midbody, centrosome and kinetochore.  Nucleic Acids Research. 2010;38:D155-D160. (IF: 8.026, cited by 5)

5.    Liu Z, Cao J, Gao X, Zhou Y, Wen L, Yang  X, Yao X, Ren J*, Xue Y. CPLA 1.0:  an integrated database of protein lysine acetylation. Nucleic Acids Res.  2011;39:D1029-1034. (IF: 8.026, cited by 3)

6.    Song CX, Ye ML, Jiang XN, Han GH, Songyang  Z, Tan YX, Wang HY, Ren J*, Xue Y  & Zou HF. Systematic analysis of protein phosphorylation networks from  phosphoproteomic data. Molecular & Cellular Proteomics.  2012;11(10):1070-1083. (IF: 8.354)

7.    Liu Z, Ren J#, Cao J, He J, Yang Q, Ma Q, Gao X, Yao X, Jin C, Xue Y.  Systematic analysis of the Plk-mediated phosphoregulation in eukaryotes.  Briefings in Bioinformatics. 2012 (In press, IF: 9.283)

8.    Ren  J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. CSS-Palm 2.0: an updated  software for palmitoylation sites prediction. Protein Eng Des Sel.  2008;21(11):639-644. (IF: 3.023, cited by 81)

9.    Ren  J, Gao XJ, Jin CJ, Zhu M, Wang XW, Shaw A, Wen LP, Yao XB, Xue Y.  Systematic study of protein sumoylation: Development of a site-specific  predictor of SUMOsp 2.0. Proteomics. 2009;9(12):3409-3412. (IF: 4.815, cited  by 49)

10.  Xue Y, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao  XB, Ren J*. GPS-SNO: Computational  Prediction of Protein S-Nitrosylation Sites with a Modified GPS Algorithm.  Plos One. 2010;5(6): e11290. (IF: 4.411, cited by 17)

11.  Xue Y, Liu Z, Cao J, Ma Q, Gao X, Wang Q,  Jin C, Zhou Y, Wen L, Ren J*. GPS  2.1: enhanced prediction of kinase-specific phosphorylation sites with an  algorithm of motif length selection. Protein Eng Des Sel. 2011;24(3):255-260.  (IF: 3.023, cited by 8)

12.  Liu Z, Gao X, Ma Q, Cao J, Ren J*, Xue Y. GPS-CCD: A novel  computational program for prediction of calpain cleavage sites. Plos  One.2011;6(4):e19001. (IF: 4.411, cited by 7)

13.  Liu Z, Cao J, Ma Q, Gao X, Ren J*, Xue Y. GPS-YNO2:  computational prediction of tyrosine nitration sites in proteins. Mol  Biosyst. 2011; 7(4):1197-1204. (IF: 3.825, cited by 4)

14.  Liu Z, Ma Q, Cao J, Gao X, Ren J*, Xue Y. GPS-PUP: computational  prediction of pupylation sites in prokaryotic proteins. Mol Biosyst.  2011;7(10):2737-2740. (IF: 3.825, cited by 2)

15.  Xue Y, Gao XJ, Cao J, Liu ZX, Jin CJ, Wen  LP, Yao XB, Ren J*. A Summary of  Computational Resources for Protein Phosphorylation. Current Protein &  Peptide Science. 2010;11(6):485-496. (IF: 3.83, cited by 10)

16.  Ren J,  Gao XJ, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Xue Y. Computational Analysis of  Phosphoproteomics: Progresses and Perspectives. Current Protein & Peptide  Science. 2011;7(12)(IF: 3.83)

17.  Xue Y, Liu Z, Cao J, Ren J.(2011) Systems and Computational Biology - Molecular and  Cellular Experimental Systems. InTech. ISBN 978-953-307-280-7(Book Chapter)

18.  Gao TS, Liu ZX, Wang YB, Cheng H, Yang Q,  Guo AY, Ren J and Xue Y. UUCD: a  family-based database of ubiquitin and ubiquitin-like conjugation. Nucleic  Acids Res. 2012;41:D1029-1034. (IF: 8.026)

19.  Han GH, Ye ML, Jiang XN, Chen R, Ren J, Xue Y, Wang FJ, Song CX, Yao  XB, Zou HF. Comprehensive and Reliable Phosphorylation Site Mapping of  Individual Phosphoproteins by Combination of Multiple Stage Mass  Spectrometric Analysis with a Target-Decoy Database Search. Analytical  Chemistry. 2009;81(14):5794-5805. (IF:5.712, cited by 10).

20.  Gao XJ, Jin CJ, Ren J, Yao XB, Xue Y. Proteome-wide prediction of PKA  phosphorylation sites in eukaryotic kingdom. Genomics. 2008;92(6):457-463.  (IF:3.613, cited by 9).

21.  Liu ZX, Yuan F, Ren J, Cao J, Zhou YH, Yang Q, Xue Y. GPS-ARM: Computational  Analysis of the APC/C Recognition Motif by Predicting D-Boxes and KEN-Boxes.  Plos One. 2012; 7(3):e34370

22.  Cai R, Liu Z, Ren J, Ma C, Gao T, Zhou Y, Yang Q, Xue Y. GPS-MBA: computational  analysis of MHC class II epitopes in type 1 diabetes. PloS one. 2012;  7(3):e33884.

 ( *通讯 #一作)

科研成果

已发布生物信息学工具:

1.    蛋白质磷酸化位点预测工具:                  GPS 2.1  (http://gps.biocuckoo.org)

2.    蛋白质磷酸化相关SNP数据库:            PhosSNP 1.0 (http://phossnp.biocuckoo.org)

3.    中体、中心体及动粒蛋白质数据库:     MiCroKit 3.0  (http://microkit.biocuckoo.org)

4.    蛋白质乙酰化数据库:                             CPLA 1.0 (http://cpla.biocuckoo.org)

5.    蛋白质功能结构域示意图绘制软件:     DOG 1.0  (http://dog.biocuckoo.org)

6.    蛋白质SUMO化位点预测工具:           SUMOsp 2.0 (http://sumosp.biocuckoo.org)

7.    蛋白质棕榈酰化位点预测工具:             CSS-Palm 2.0  (http://csspalm.biocuckoo.org)

8.    钙蛋白酶切位点预测工具:                     GPS-CCD 1.0  (http://ccd.biocuckoo.org)

9.    蛋白质巯基亚硝基化位点预测工具:      GPS-SNO 1.0  (http://sno.biocuckoo.org)

10.  蛋白质翻译后修饰肽段扫描工具:         PPS 1.0  (http://pps.biocuckoo.org)

11.  蛋白质酪氨酸硝化位点预测工具:         GPS-YNO2 1.0  (http://yno2.biocuckoo.org)

12.  蛋白质SUMO化结合模体预测工具:   GPS-SBM 1.0 (http://sbm.biocuckoo.org)

13.  磷酸化网络构建工具:                       iGPS 1.0  (http://igps.biocuckoo.org )

14.  细胞死亡相关蛋白质数据库:                  THANATOS  (http://thanatos.biocuckoo.org )

其中GPSCSS-PalmSUMOsp已被著名蛋白质组学门户网站ExPASy收录

收录网址:http://www.expasy.org/tools/#ptm  访问量超过5000/月。

包括美国BMS(百时美施贵宝)、法国Hybrigenics和日本Eisai在内的多家国际著名制药公司已购买GPS系列软件的商业版授权。

获颁计算机软件著作权登记证书:

1. 蛋白质翻译后修饰棕榈酰化位点预测工具 (登记号:2009SR022423)

2. 蛋白质翻译后修饰磷酸化位点预测工具 (登记号:2009SR023467)

3. 蛋白质翻译后修饰SUMO化位点预测工具 (登记号:2009SR022424)

4. LAMOST巡天观测战略系统 (登记号:2009SR027003)

5. 蛋白质功能结构域示意图绘制工具 (登记号:2009SR054172)

获奖情况

1.    广东自然科学杰出青年基金(首批16人)

2.    广州珠江科技新星专项(首批)

3.    2012年获国际遗传工程机器设计竞赛(iGEM)软件组亚洲区金奖

4.    2012年于MITiGEM世界总决赛上获得Best Clotho AppBest Genome Compiler Based  Design两个单项大奖。

5.    2012年获国际遗传工程机器设计竞赛(iGEM)亚洲区银奖

6.    2011年获国际遗传工程机器设计竞赛(iGEM)亚洲区铜奖